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Linux環境でダンプしたMySQLのファイルをWindows環境に取り込む方法です。
以下で様々なコマンドとともに解説してありましたが、どうも上手くいかなく試行錯誤しました。
参考サイト：MySQL｜あんちょこ

私の場合以下の方法で正常に表示されました。

1)　まずはダンプファイルの文字コードを確認する
エディタで開き文字コードを変換する。日本語文字がどの文字コードで読めるか確認する。
（ちなみ私の場合、EUCでした）

2)　ダンプファイルをShift-JISで保存
これもエディタで保存。
※いくつか文字化けしたため、一括置換で変更しました。

3)　次にMySQLの文字コードを確認する
以下コマンドより確認、ujis（EUC）になっていたので、my.iniをデフォルトの設定に戻す。

>mysql -u root -p
Enter password: ********

mysql> show variables like 'char%';
| character_set_client     | ujis
| character_set_connection | ujis
| character_set_database   | ujis
| character_set_filesystem | binary
| character_set_results    | ujis
| character_set_server     | ujis
| character_set_system     | utf8

4)　Shift-JISにしたダンプファイルをインポートする
コマンドプロンプトより、ダンプファイルの読み込む

>mysql -u root -p [database_name] < dump.txt
Enter password: ********

5)　SQLを実行し、実行結果をdumpする

>mysql -u root -p [database_name] > output.txt
Enter password: *****
select * from [table_name];
\q

一応できたはできたのですが、もっといい方法ありそうですね。特に2)がいけてないです。
きちんと調べずに対応してしまいました。もし対処方法をしっていれば是非教えてください。

ちなみにMySQLのバージョンは、5.0.41です。

私はMySQLは↓こちらで勉強してします。内容はすごく深くはないですが、レプリケーションやチューニング等の幅広く実践的な運用手順が網羅されています。